多肽质谱分析采用LC-MS/MS方法，对蛋白酶解后多肽片段进行精确质荷比测定，可鉴定翻译后修饰如糖基化、氧化等，确保药物批次一致性。

在工业生产中，该技术广泛用于单抗、重组蛋白等大分子药物的纯度与异质性评估，提高产品质量稳定性与合规性。

结合免疫捕获技术，多肽质谱实现复杂基质中痕量分析，支持临床前药代动力学研究与过程优化。